Descubierta en 1775 por un español llamado Juan Manuel de Ayala quien explorando la bahia de San Francisco dio con ella y la llamó la Isla de los alcatraces por la cantidad de estos animales que la habitaban.
Se encuentra ubicada en medio de la bahía de San Francisco, bañada por las aguas del Pacífico. Durante siglos, la bahía permaneció oculta a los ojos de los lobos de mar, que pasaron por delante con sus carabelas sin siquiera percatarse del lugar.
En 1848, un carpintero divisó en el fondo de un río el intenso resplandor de unas pepitas de oro. En pocos meses se desencadenó la fiebre del oro, con familias de medio mundo viajando atropelladamente hacia California, razón por lo que hizo aumentar la población de San Francisco desmesuradamente. La isla de Alcatraz era conocida por su excelente posición estratégica, por lo que se inició la construcción de una fortaleza militar para prevenir la entrada de naves enemigas y proteger la ciudad. También se construyó un faro para guiar a los barcos que estaban en alta mar. Pero la verdadera historia de esta isla comienza realmente en el siglo XX cuando la época de la Ley Seca (1919-1933) el crímen organizado alcanzó su punto álgido, con un sinnúmero de gánsters y contrabandistas pululando por el país. Tras el crack de 1929, la depresión de los años 30 hizo a los pobres aún más miserables, y muchos no dudaron en empuñar su escopeta. Hacía falta mano dura y poner a los criminales a buen recaudo.. Así, en 1933, Alcatraz pasó a manos del Departamento de Justicia, que instaló en ella una prisión federal. "Si gánsters como Al Capone simbolizan la rebeldía de la nación, entonces Alcatraz sería el símbolo nacional a la hora de castigar a los rebeldes", explicó Esslinger.James A. Johston fue nombrado el primer alcaide de Alcatraz, cargo que ejerció desde 1934 hasta 1948. Creía firmemente en la posibilidad de reformar a los presos mediante el trabajo y una férrea disciplina, para su posterior reinsercción en la sociedad. También abolió una serie de medidas que consideraba denigrantes para los presos, como vestir los clásicos uniformes a rayas, o portar grilletes. Sin embargo, Johnston era una persona severa y estricta, que no se fiaba un pelo de los criminales. Un tren que atravesaba el país conducía a los prisioneros desde otras penitenciarias federales hasta Alcatraz.
Dentro de las gruesas paredes con refuerzos de acero, barrotes redondeados del mismo metal a prueba de sierras, ventanas inmunes a las balas y demás mecanismos disuasorios de seguridad estuvieron tipos duros como Al Capone,Doc Barker, o George "Machine Gun" Kelly). La seguridad de esta prisión era tal que cuando traían prisioneros ni siquiera se apeaban del tren al llegar al fin del trayecto; los vagones eran remolcados sobre una barcaza y transportados a la isla. Los presos que cometían graves infracciones de las normas internas eran confinados en la Strip Cell, conocida también como "Oriental". Era una celda infame, fría y completamente oscura, con un simple agujero en el suelo para aliviar sus necesidades. El recluso yacía desnudo y recibía la comida (una dieta restringida) a través de un hueco en la puerta.
Muchos de los reclusos confinados en Alcatraz arrastraban sentencias de por vida. Por tanto, era necesario matar el tiempo de alguna manera: tocando la guitarra (sin silbar o cantar, que estaba terminantemente prohibido), escribiendo cartas (que posteriormente serian revisadas y censuradas) y, sobre todo, leyendo. Las obras de filósofos como Kant, Schopenhauer o Hegel y los libros de matemáticas avanzada y física tenían mucho tirón etre los prisioneros. Curiosamente, durante el tiempo que Al Capone estuvo recluido en Alcatraz, cumplió con la tarea de repartir libros entre los otros internos, empujando un carrito por los pasillos...
Se comenta que Al Capone fue, sin duda, el prisionero más famoso de Alcatraz. Llegó a la isla en 1934, siendo aún un mafioso temido. Sin embargo, cuando abandonó la prisión cuatro años después su estado mental había sufrido un enorme deterioro: retirado en su celda, hablaba solo y se comportaba de un modo extraño. Capone había comenzado a mostrar los primeros síntomas de una sífilis que debió de contraer siendo aún joven. Está documentado que en Alcatraz intentó manejar los asuntos de otros presos, pero no tuvo éxito, y su contacto con el exterior estaba estrictamente censurado.
Otro de los grandes conocidos de la prisión tuvo un perfil muy diferente: Robert Franklin Stroud, "el hombre pájaro" deAlcatraz. Durante su encierro previo en Kansas nos cuenta su biógrafo Thomas E. Gaddis - encontró un pequeño gorrión en el patio de la cárcel y se lo llevó cuidadosamente a su celda para alimentarlo. Colocó un calcetín sobre la bombilla y depositó el gorrión en el interior, al que nutría con cucarachas. Poco a poco comenzó a criar una ingente cantidad de canarios y pasar horas estudiándolos y anotando las observaciones. Llegó a escribir dos libros sobre las enfermedades de los pájaros...